กทม.เป็นพื้นที่ลุ่มต่ำมีลักษณะเป็นแอ่งกระทะและมีจุดเสี่ยงน้ำท่วมหลายจุด เช่น บริเวณวงเวียนบางเขน ปากซอยสิทธิพร 2 ถ.พหลโยธิน (แยกเกษตร) ถ.สุขุมวิท (ซ.สุขุมวิท 31, ซ.สวัสดี, ระหว่าง ซ.สุขุมวิท 107 ถึงคลองบางนา) ถ.ทรงสวัสดิ์ ถ.เยาวราช ถ.เจริญกรุง เป็นต้น เมื่อฝนตกในปริมาณที่มากกว่า 60 มิลลิเมตรต่อชั่วโมง มักจะเกิดน้ำท่วมขังเป็นประจำ น้ำไม่สามารถไหลลงคูคลองได้เองตามธรรมชาติ ต้องใช้การระบายน้ำเข้ามาช่วยในพื้นที่
กทม. แก้ปัญหาน้ำท่วม โดยใช้หลักวิศวกรรม โดยสร้างธนาคารน้ำใต้ดิน (Water Bank) ที่เป็นบ่อเก็บน้ำใต้ดิน เมื่อฝนตกน้ำจะไหลลงไปที่บ่อใต้ดินชั่วคราว ช่วยทำให้น้ำไม่ท่วมขัง จากนั้นจะสูบระบายน้ำออกผ่านท่อลงคูคลอง ซึ่งสร้างเสร็จแล้ว 2 แห่ง คือ วงเวียนบางเขนและปากซอยสุทธิพร สามารถแก้ไขปัญหาน้ำท่วม จากที่เคยท่วมทุกๆ ปีได้
และสร้างระบบระบายน้ำด้วยวิธีดันท่อ (Pipe Jacking) ที่ระบายน้ำลงท่อได้เร็วมากขึ้น ที่สร้างเสร็จแล้ว บริเวณ ถ.พหลโยธิน (แยกเกษตร) ถ.เยาวราช ถ.เจริญกรุง ถ.สุขุมวิท (แยกบางนา) และแยกอโศกถึงสุขุมวิท 71 รวมทั้งปรับปรุงสถานีสูบน้ำคลองบางซื่อ คลองวัดหลักสี่ คลองกะจะ คลองระหาญ คลองหลุมไผ่ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการระบายน้ำ และยังมีการสร้างแนวป้องกันน้ำท่วมริมแม่น้ำเจ้าพระยาและแนวทางป้องกันน้ำท่วมจากน้ำฝน
นอกจากนี้ กทม.ใช้เรดาร์ตรวจจับกลุ่มฝน เพื่อเฝ้าระวังปริมาณน้ำฝนที่ตกในพื้นที่ กทม. พร้อมเตรียมเครื่องสูบน้ำเพื่อระบายน้ำท่วมขัง รวมถึงควบคุมระดับน้ำในคลอง ซึ่ง กทม.ได้ขุดลอกคูคลองและเก็บสิ่งกีดขวางทางเดินน้ำ เปิดทางน้ำไหล เพื่อให้สามารถระบายลงคลอง และไปยังอุโมงค์ได้อย่างรวดเร็ว
หากมีฝนตกในปริมาณมาก และพบน้ำท่วมขังในพื้นที่ แจ้งศูนย์ป้องกันน้ำท่วม กทม .โทร. 0 2248 5115 ตลอด 24 ชั่วโมง จะมีหน่วยปฏิบัติการเร่งด่วนแก้ไขปัญหาน้ำท่วม (หน่วย BEST) แก้ไขน้ำท่วมขังในพื้นที่ได้ทันที